Magnesium i organisk form blir best tatt opp av kroppen. Vitamin B6 fremmer også opptaket og effekten av magnesium.
Symptomer som kvalme og diaré kan forekomme, men dette oppstår vanligvis ved høyere doser enn hva som er anbefalt.
Kosttilskudd med magnesium må brukes i samråd med lege av personer med forstyrrelser i hjerterytmen og av personer med nedsatt nyrefunksjon.
Absorpsjonen av magnesium kan påvirkes av samtidig inntak av andre mineraler som kalsium og sink, samt av vitamin D3. Samtidig bruk av aminoglykosidantibiotika og magnesium kan gi nevromuskulær svekkelse. Magnesium kan påvirke effekten av bisfosfonater, kalsiumkanalblokkere og kaliumsparende diuretika. Vitamin B6 kan påvirke serumnivået av levodopa, fenobarbital og fenytoin.
Kosttilskudd med magnesium og vitamin B6 i anbefalte doser kan brukes av gravide og ammende, og kan anbefales gravide med leggkramper.